Cistude Nature est gérée par un conseil d'administration composé de 7 membres :

- Président : Laurent Soulier, Directeur de l'Institut des Milieux Aquatiques (IMA Bayonne)

- Vice-président : Bernard Puche, enseignant

- Trésorier : Eric Binet, retraité

- Secrétaire : Martine Dubicq, retraitée

- Administrateurs : Isabelle Dupont, Serge Urbano, Pierre Paillusseau