Cistude Nature est gérée par un conseil d'administration composé de 7 membres :
- Président : Laurent Soulier, Directeur de l'Institut des Milieux Aquatiques (IMA Bayonne)
- Vice-président : Bernard Puche, enseignant
- Trésorier : Eric Binet, retraité
- Secrétaire : Martine Dubicq, retraitée
- Administrateurs : Isabelle Dupont, Serge Urbano, Pierre Paillusseau
Isabelle DUPONT et Serge Urbano.